Durant el segle XIV en aquest emplaçament hi va ser traslladat l’hospital de la Vila, que feia un segle i escaig s’havia erigit a la plaça del Mercadal. No sabem quines van ser les raons del canvi d’ubicació; en tot cas va durar poc més d’un segle, ja que a començaments del XVI l’hospital es va emplaçar de nou dins les muralles del Mercadal.
L’espai que va deixar buit el segon hospital va ser ràpidament ocupat per cases i eixides, exceptuant un petit pati en el qual, a mitjan segle XVI, es va construir aquesta capella, impulsada pel capellà pierenc Miquel Marquet.
L’advocació de la capella de Sant Sebastià es va fer molt popular durant l’etapa baixmedieval arran de la invocació a aquest sant contra les pestes, i va comportar el canvi de nom del carrer, conegut a partir d’aquell moment com a carrer de Sant Sebastià, denominació que ha perdurat fins a l’actualitat.
El capbreu de 1555 detalla que la capella era “novitier construxisse”, és a dir, recentment construïda. Pel context en què ho va ser, segurament abraçava l’estil gòtic tardà; per això, en restauracions successives, com la de 1920, s’hi va continuar reproduint –amb guix– la volta de creueria. En aquesta intervenció també va ser suprimit el campanar de cadireta de la façana i es va enguixar l’interior.
